Різниця між секвенуванням цілого геному та секвенуванням дробовиків

Що таке секвенування цілого геному та рушниці?

Це методи, що використовуються для оцінки та послідовності ДНК геному організму за один раз.

Подібність

Подібності між секвенуванням цілого геному та секвенуванням дробовика включають;

  • Обидва вони беруть участь у секвенуванні фрагментів дезоксирибонуклеїнової кислоти
  • Обидві методи включають геномну фрагментацію
  • Обидві методики використовують цифрові технології та базуються на комп’ютері
  • Обидві методики відіграють важливу роль у дослідженнях та молекулярній діагностиці

Послідовність цілих геномів

Послідовність цілого геному (WGS)-це детальна методика дослідження всієї геномної послідовності дезоксирибонуклеїнової кислоти клітини за один раз.

Послідовність цілих геномів стала доступною після публікації проекту «Геном людини», який надав посилання на послідовності геному людини.

Послідовність рушниць

Послідовність рушниці включає незаплановане розщеплення дезоксирибонуклеїнової кислоти, що розбиває послідовності дезоксирибонуклеїнової кислоти на безліч дрібних фрагментів, а потім збирає їх знову (послідовність) шляхом з'ясування областей перекриття.

Різниця між секвенуванням цілого геному та дробовиком

Опис

Послідовність цілих геномів

Послідовність цілого геному (WGS)-це одноетапний процес упорядкування. У цій техніці спочатку відбувається зсув геному (гаплоїдний набір хромосом у мікроорганізмі). Після цього кожен з цих крихітних крихких осколків проходить процес розташування випадковим чином. Після завершення цього розташування або послідовності відбувається аналіз. Існує ліквідація процесу послідовності, що перекривається, під час оцінки розташування/послідовностей, і оцінка не є впорядкованою технікою. Отже, збірка послідовностей є менш успішним та ефективним процесом. Однак процес секвенування цілого геному проходить швидше, і оцінка всього генома (гаплоїдного набору хромосом у мікроорганізмі) може відбуватися в одному випадку.

Послідовність рушниць

Послідовність рушниць - це лабораторний метод оцінки послідовності дезоксирибонуклеїнової кислоти генетичного матеріалу (геному) організму. Методика включає розщеплення генетичного матеріалу організму на крихітні фрагменти дезоксирибонуклеїнової кислоти, які представляють окреме послідовність.

Використання

Послідовність цілих геномів

  • Новонароджені та дитячі захворювання - віднімає структурні варіанти та сканує екзонічні ділянки, які не захоплені належним чином.
  • Випробування лікарських засобів та фармакогеноміка-WGS пропонує корисні механізми для клінічних випробувань, які допомагають класифікувати осіб (пацієнтів) на основі їх реакції на ліки або ліки, що досліджуються.
  • Нормативні зміни та eQTL
  • Рідкі типи чуток - WGS - це правильний метод дослідження рідкісних пухлин. Ця методика допомагає вивчити і захопити повний спектр мутацій, починаючи від одноразового експерименту-від змін однієї основи (одна основа в дезоксирибонуклеїновій кислоті відрізняється від звичайної основи в цій позиції) до більших хромосомних перебудов.
  • Clan Genomics - Family Disease Pedigrees - відбирає мультиплексні родоводи з сімей, які постраждали від генетичних проблем.
  • Великі когорти з великою кількістю фенотипів

Послідовність рушниць

  • Досліджує послідовність дезоксирибонуклеїнової кислоти в геномі організму.
  • Ефективний метод побічної послідовності рибонуклеїнової кислоти або білків (через їх відкриті рамки зчитування)
  • Найбільш бажаний метод для всіх інших видів гаплоїдного набору хромосом у секвенуванні мікроорганізмів. Загальний гаплоїдний набір хромосом багатьох організмів, - корова, курка, щур, рослина Arabidopsis thaliana, риба -пухир та багато мікроскопічних організмів, були секвенировані відповідно до цієї техніки.
  • Майже закінчені та майже остаточні збірки de novo мікробних геномів за дуже меншу кількість днів
  • Можливість послідовності великих, складних геномів
  • GS FLX+ Довжина зчитування системи до 1 кб
  • Виконати гібридні збірки

Кроки

Послідовність цілих геномів

  • Створення послідовності зчитування безпосередньо з цілого сховища -геному (гаплоїдного набору хромосом у мікроорганізмі)
  • Застосування обчислювальних методів для повторного збирання в один крок
  • Використовується для плодової мухи (Drosophila Melanogaster) та Celera Genomics (розроблена 1998) для геному людини (гаплоїдний набір хромосом у мікроорганізмі)

Послідовність рушниць

  • Кроки в секвенуванні дробовиків включають;
  • Підготовка бібліотеки
  • Секвенування фрагментів cfDNA
  • Підрахунок фрагментів
  • Вирівнювання послідовності
  • Статистичний аналіз та звітність.

Резюме

Точки відмінності між секвенуванням цілого геному та секвенуванням дробовиків були підсумовані нижче:

Послідовність цілого геному проти секвенування дробовика

Останні повідомлення доктора Аміти Фотедар -Др ( див. Усе )

Докладніше про: ,