Razlika med zaporedjem celega genoma in zaporedjem pušk

Kaj sta sekvenciranje celotnega genoma in sekvenciranje puške?

To so metode, ki se uporabljajo za ocenjevanje in zaporedje DNK genoma organizma naenkrat.

Podobnost

Podobnosti med sekvenciranjem celotnega genoma in zaporedjem puške vključujejo;

  • Oba sodelujeta pri sekvenciranju fragmentov deoksiribonukleinske kisline
  • Obe tehniki vključujeta genomsko fragmentacijo
  • Obe tehniki uporabljata digitalizacijo in sta računalniški
  • Obe tehniki igrata ključno vlogo v raziskovalnih študijah in v molekularni diagnostiki

Zaporedje celotnega genoma

Sekvenciranje celotnega genoma (WGS) je podrobna tehnika za raziskovanje celotnega genomskega zaporedja deoksiribonukleinske kisline celice naenkrat.

Sekvenciranje celotnega genoma je postalo na voljo po objavi projekta Human Genome Project, ki je zagotovil referenco za sekvence človeškega genoma.

Zaporedje pušk

Zaporedje puške vključuje nenačrtovano razdelitev deoksiribonukleinske kisline, ki razgradi zaporedja deoksiribonukleinske kisline na veliko majhnih fragmentov in jih nato ponovno sestavi (zaporedje) tako, da ugotovi regije prekrivanja.

Razlika med zaporedjem celotnega genoma in puško

Opis

Zaporedje celotnega genoma

Zaporedje celotnega genoma (WGS) je enostopenjski postopek urejanja. Pri tej tehniki najprej poteka striženje celotnega genoma (haploidni niz kromosomov v mikroorganizmu). Po tem se vsak od teh drobnih krhkih drobcev podvrže postopku razporejanja naključno. Ko se ta aranžma ali zaporedje zaključi, se opravi analiza. Postopek prekrivanja zaporedja se prekriva v času ocenjevanja aranžmaja/zaporedij in ocenjevanje ni urejena tehnika. Zato je sestavljanje zaporedij manj uspešen in učinkovit postopek. Vendar je proces sekvenciranja celotnega genoma hitrejši in ocena celotnega genoma (haploidni niz kromosomov v mikroorganizmu) se lahko izvede na enem samem primeru.

Zaporedje pušk

Sekvenciranje puške je laboratorijska metoda za ocenjevanje zaporedja deoksiribonukleinske kisline genetskega materiala (genoma) organizma. Tehnika vključuje razbijanje genetskega materiala organizma na drobne fragmente deoksiribonukleinske kisline, ki predstavljajo posamezno zaporedje.

Uporabe

Zaporedje celotnega genoma

  • Novorojena in pediatrična bolezen - odšteje strukturne različice in skenira eksonična področja, ki niso ustrezno zajeta.
  • Preskušanja zdravil in farmakogenomika-WGS ponuja koristne mehanizme za klinična preskušanja, ki pomagajo pri razvrščanju posameznikov (bolnikov) glede na njihov odziv na zdravilo ali zdravilo, ki se preučuje.
  • Regulativne spremembe in eQTL
  • Redke vrste govoric - WGS je pravilna metoda za raziskovanje redkih tumorjev. Tehnika pomaga pri preučevanju in zajemanju celotnega obsega mutacij, od enkratnih sprememb baze (ena baza v deoksiribonukleinski kislini se razlikuje od običajne baze na tem položaju) do večjih kromosomskih preureditev v enkratnem poskusu.
  • Clan Genomics - Family Disease Pedigrees - prisluhne multipleks rodovnikom iz družin, na katere vplivajo genetske težave.
  • Velike kohorte z obsežnim fenotipiziranjem

Zaporedje pušk

  • Razišče zaporedje deoksiribonukleinske kisline v genomu organizma.
  • Učinkovita metoda za posredno zaporedje ribonukleinske kisline ali beljakovin (prek njihovih odprtih okvirjev za branje)
  • Najbolj priljubljena metoda za vse druge vrste haploidnih nizov kromosomov v sekvenciranju mikroorganizmov. Po tej tehniki je bil sekvenciran celoten haploidni niz kromosomov mnogih organizmov - krave, piščanca, podgane, rastline Arabidopsis thaliana, ribe puffer in mnogih mikroskopskih organizmov.
  • Skoraj končani in skoraj končni de novo sklopi mikrobnih genomov v zelo manj dneh
  • Zmožnost zaporedja velikih, kompleksnih genomov
  • GS FLX+ Sistemske dolžine branja do 1 kb
  • Izvedite hibridne sklope

Koraki

Zaporedje celotnega genoma

  • Ustvarjanje zaporedja se bere neposredno iz celotnega skladišča genoma (haploidni niz kromosomov v mikroorganizmu)
  • Uporaba računskih metod za ponovno sestavljanje v enem koraku
  • Uporablja se za sadno muho (Drosophila Melanogaster) in pri Celera Genomics (razvito 1998) za človeški genom (haploidni niz kromosomov v mikroorganizmu)

Zaporedje pušk

  • Koraki pri zaporedju pušk vključujejo;
  • Priprava knjižnice
  • Zaporedje fragmentov cfDNA
  • Štetje fragmentov
  • Poravnava zaporedja
  • Statistična analiza in poročanje.

Povzetek

Razlike med zaporedjem celotnega genoma in zaporedjem puške so povzete spodaj:

Zaporedje celotnega genoma Vs sekvenciranje puške

Poglej več o: ,