Разлика между секвенирането на цели геноми и секвенирането на пушки

Какво представляват секвенирането на целия геном и секвенирането на пушка?

Това са методи, използвани за оценка и ДНК последователности на генома на организма в един момент.

Сходство

Приликите между секвенирането на целия геном и секвенирането на пушка включват;

  • И двете участват в секвенирането на фрагменти от дезоксирибонуклеинова киселина
  • И двете техники включват геномна фрагментация
  • И двете техники използват дигитализация и са базирани на компютър
  • И двете техники играят решаваща роля в научните изследвания и в молекулярната диагностика

Последователност на целия геном

Последователността от цял ​​геном, известна още като WGS, е подробна техника за изследване на цялата геномна последователност от дезоксирибонуклеинова киселина на клетка в един момент.

Секвенирането на цял геном стана достъпно след публикуването на проекта за човешки геном, който предостави справка за последователностите на човешкия геном.

Последователност на пушките

Секвенирането на пушка включва непланирано разделяне на дезоксирибонуклеинова киселина, разделяне на последователностите на дезоксирибонуклеинова киселина на много малки фрагменти и след това сглобяването им отново (последователността) чрез определяне на областите на припокриване.

Разлика между секвенирането на целия геном и пушката

Описание

Последователност на целия геном

Последователността на целия геном (WGS) е едноетапен процес на подреждане. При тази техника първо се извършва срязване на целия геном (хаплоиден набор от хромозоми в микроорганизъм). След това всяка от тези малки крехки парченца преминава процес на подреждане на случаен принцип. След като това подреждане или последователност приключи, се извършва анализът. Има елиминиране на припокриващия се процес на секвениране по време на оценката на подреждането/последователностите и оценката не е подредена техника. Следователно, сглобяването на последователности е по -малко успешен и ефикасен процес. Процесът на секвениране на целия геном е по -бърз и оценката на целия геном (хаплоиден набор от хромозоми в микроорганизъм) може да се извърши в един -единствен случай.

Последователност на пушките

Секвенирането на пушки е лабораторен метод за оценка на последователността на дезоксирибонуклеиновата киселина на генетичния материал (геном) на организма. Техниката включва разбиване на генетичния материал на организма на малки фрагменти от дезоксирибонуклеинова киселина, които представляват индивидуално секвениране.

Използва

Последователност на целия геном

  • Новородено и детско заболяване - приспада структурни варианти и сканира екзонични области, които не са уловени по подходящ начин.
  • Изпитвания на лекарства и фармакогеномика-WGS предлага полезен преден механизъм за клинични изпитвания, който помага при класифицирането на индивиди (пациенти) въз основа на отговора им към лекарството или изследваното лекарство.
  • Нормативни вариации и eQTL
  • Редки типове слухове - WGS е правилният метод за изследване на редки тумори. Техниката помага при изучаването и улавянето на пълния набор от мутации, от единични промени на базата (една база в дезоксирибонуклеиновата киселина се различава от обичайната основа в това положение) до по-големи хромозомни пренареждания, в еднократен експеримент.
  • Clan Genomics - Family Disease Pedigrees - извлича мултиплекс родословия от семейства, засегнати от генетични проблеми.
  • Големи кохорти с обширно фенотипиране

Последователност на пушките

  • Изследва последователността на дезоксирибонуклеиновата киселина в генома на организма.
  • Ефективен метод за индиректно секвениране на рибонуклеинова киселина или протеини (чрез техните отворени рамки за четене)
  • Най -предпочитаният метод за всички други видове хаплоиден набор от хромозоми в секвениране на микроорганизми също. Общият хаплоиден набор от хромозоми на много организми - кравата, пилето, плъх, растението Arabidopsis thaliana, рибата буфер и много микроскопични организми са секвенирани, следвайки тази техника.
  • Почти завършени и почти окончателни комплекти de novo от микробни геноми за много по-малко дни
  • Силата на секвениране на големи, сложни геноми
  • GS FLX+ Дължина на четене на системата до 1 kb
  • Извършете хибридни сглобки

Стъпки

Последователност на целия геном

  • Генерирането на секвениране се чете директно от цяло хранилище от геном (хаплоиден набор от хромозоми в микроорганизъм)
  • Прилагане на изчислителни методи за повторно сглобяване в една стъпка
  • Използва се за плодова муха (Drosophila Melanogaster) и от Celera Genomics (разработена през 1998 г.) за човешки геном (хаплоиден набор от хромозоми в микроорганизъм)

Последователност на пушките

  • Стъпките в последователността на пушките включват;
  • Подготовка на библиотеката
  • Секвениране на фрагментите на cfDNA
  • Преброяване на фрагменти
  • Подравняване на последователността
  • Статистически анализ и отчитане.

Резюме

Точките на разлика между секвенирането на целия геном и секвенирането на пушка са обобщени по -долу:

Секвениране на цял геном срещу секвениране на пушка

Вижте повече за: