Разница между секвенированием всего генома и дробовиком

Что такое секвенирование всего генома и секвенирование дробовика?

Это методы, используемые для одновременной оценки последовательностей ДНК генома организма.

Сходство

Сходства между секвенированием всего генома и секвенированием дробовика включают:

  • Оба участвуют в секвенировании фрагментов дезоксирибонуклеиновой кислоты.
  • Оба метода предполагают фрагментацию генома.
  • Оба метода используют оцифровку и основаны на компьютере.
  • Оба метода играют решающую роль в научных исследованиях и в молекулярной диагностике.

Секвенирование всего генома

Полногеномное секвенирование (WGS) - это подробный метод исследования всей геномной последовательности дезоксирибонуклеиновой кислоты клетки за один раз.

Секвенирование всего генома стало доступным после публикации проекта «Геном человека», который предоставил ссылку на последовательности генома человека.

Секвенирование дробовика

Секвенирование дробовиком включает незапланированное расщепление дезоксирибонуклеиновой кислоты, расщепление последовательностей дезоксирибонуклеиновой кислоты на множество небольших фрагментов с последующей их сборкой (последовательность) путем определения областей перекрытия.

Разница между секвенированием всего генома и дробовиком

Описание

Секвенирование всего генома

Секвенирование всего генома (WGS) - это одностадийный процесс. В этом методе сначала происходит срезание всего генома (гаплоидный набор хромосом в микроорганизме). После этого каждый из этих крошечных хрупких осколков случайным образом расставляется. После того, как это расположение или последовательность завершены, проводится анализ. Во время оценки расположения / последовательностей устраняется перекрывающийся процесс секвенирования, и оценка не является заказной техникой. Следовательно, сборка последовательностей - менее успешный и эффективный процесс. Однако процесс секвенирования всего генома происходит быстрее, и оценка всего генома (гаплоидного набора хромосом в микроорганизме) может происходить за один раз.

Секвенирование дробовика

Секвенирование дробовиком - это лабораторный метод оценки последовательности дезоксирибонуклеиновой кислоты генетического материала (генома) организма. Этот метод включает разбиение генетического материала организма на крошечные фрагменты дезоксирибонуклеиновой кислоты, которые представляют собой индивидуальное секвенирование.

Использует

Секвенирование всего генома

  • Новорожденные и педиатрические заболевания - выявляет структурные варианты и сканирует экзональные области, которые не были должным образом зафиксированы.
  • Испытания лекарственных средств и фармакогеномика - WGS предлагает полезный предварительный механизм для клинических испытаний, который помогает классифицировать людей (пациентов) на основе их реакции на исследуемое лекарство или лекарство.
  • Варианты регулирования и eQTL
  • Типы редких слухов - WGS - правильный метод исследования редких опухолей. Этот метод помогает изучать и фиксировать полный спектр мутаций, от изменений одного основания (одно основание в дезоксирибонуклеиновой кислоте отличается от обычного основания в этом положении) до более крупных хромосомных перестроек в одноразовом эксперименте.
  • Clan Genomics - Family Disease Pedigrees - использует множественные родословные из семей, затронутых генетическими проблемами.
  • Большие когорты с обширным фенотипированием

Секвенирование дробовика

  • Исследует последовательность дезоксирибонуклеиновой кислоты генома организма.
  • Эффективный метод непрямого секвенирования рибонуклеиновой кислоты или белков (через их открытые рамки считывания)
  • Наиболее предпочтительный метод для всех других видов гаплоидного набора хромосом при секвенировании микроорганизмов. Полный гаплоидный набор хромосом многих организмов - коровы, курицы, крысы, растения Arabidopsis thaliana, иглобрюха и многих микроскопических организмов был секвенирован с использованием этой методики.
  • Почти завершенные и почти окончательные сборки микробных геномов de novo за очень короткое время
  • Возможность секвенировать большие сложные геномы
  • Длина чтения системы GS FLX + до 1 кб
  • Выполнять гибридные сборки

Шаги

Секвенирование всего генома

  • Генерация секвенирования считывает непосредственно из репозитория целого генома (гаплоидный набор хромосом в микроорганизме)
  • Применение вычислительных методов для повторной сборки за один шаг
  • Используется для плодовой мухи (Drosophila Melanogaster) и компанией Celera Genomics (разработан в 1998 г.) для генома человека (гаплоидный набор хромосом в микроорганизме)

Секвенирование дробовика

  • Шаги в последовательности действий при дробовике включают:
  • Подготовка библиотеки
  • Секвенирование фрагментов вкДНК
  • Подсчет фрагментов
  • Выравнивание последовательности
  • Статистический анализ и отчетность.

Резюме

Различия между секвенированием всего генома и секвенированием дробовика суммированы следующим образом:

Секвенирование всего генома против секвенирования дробовиком

См. Больше о: